Historia del halo 2

La historia comienza con el antiguo comandante de la flota de naves Particular Justice siendo juzgado por los Profetas lideres del Covenant en la ciudad flotante sagrada Suma Caridad por su incompetencia y su incapacidad de proteger la Instalación 04 "Alpha Halo" de su destrucción a manos del Jefe Maestro ( Conocido como Demonio para el "Covenant") en Halo: Combat Evolved lo que termina en su exilio del Covenant y un castigo físico. Mientras tanto el Jefe Maestro y el Sargento Johnson de nuevo en la tierra reciben condecoraciones por el almirante naval Lord Hood en la estación espacial de la UNSC Cairo por la valentía de ambos en Halo mientras que Miranda Keyes, la hija del almirante Jacob Keyes que fue asesinado por los Flood recibe una medalla póstuma por el valor y sacrificio de este. Son interrumpidos por Cortana que les dice que una gran formación de naves del Covenant han encontrado la tierra y se acercan a esta. El Jefe llega a la ciudad de Nueva Mombasa en África donde la protege de los numerosos soldados del Covenant lo suficiente como para seguir a un crucero cargando al Profeta del Pesar a través de un viaje al hiperespacio.
Los ojos cambian a los del desgraciado élite que es convertido súbitamente en un guerrero santo del Covenant, El Inquisidor por los Profetas quienes le dicen que su primera misión es destruir una alianza hereje conformada por élites y grunts liderada por un élites renegado que se han separado formalmente del Covenant y se han atrincherado en una mina de gas Forerunner en el planeta Threshold. El lo consigue exitosamente matando al líder de estos y se encuentra con el monitor de Halo, 343 Guilty Spark quien también estaba ahí.
En un rincón lejano de la galaxia, la nave In Amber Clad capitaneada por Miranda Keyes pasa por el agujero de gusano por hiperespacio siguiendo al Profeta del Pesar, y descubren un segundo anillo "Delta Halo". Al aterrizar ahí el Jefe debe matar al Sumo Profeta del Pesar que tiene planes de activar el anillo. El lo consigue pero una numerosa flota de del Covenant y Gran Caridad llegan también a Delta Halo, atacando al Jefe Maestro que cae a los profundos océanos del anillo semimuerto.